Основными направлениями деятельности отдела комплектования является организация своевременного формирования групп для обучения на циклах повышения квалификации, профессиональной переподготовки специалистов со средним медицинским и фармацевтическим образованием. Сотрудники отдела осуществляют регистрацию слушателей, прибывших на обучение, а также производят оказание консультативной помощи по вопросам заполнения документов. В отделе комплектования производится подготовка и оформление приказов, протоколов, необходимых для проведения цикла и итоговой аттестации, а также осуществляется выдача удостоверений и дипломов.
Отдел комплектования ведет систематическое обобщение сведений о дополнительном профессиональном образовании специалистов со средним медицинским и фармацевтическим образованием, а также осуществляет текущее и перспективное планирование последипломного обучения.